Μετά από την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Οθωμανούς και την απόσυρση των Φράγκων από το Αιγαίο η Χίος έγινε «καταφύγιο» για πολλούς κατοίκους της Σάμου που πήγαν στο νησί προκειμένου να δημιουργήσουν ένα κοινό μέτωπο ενάντια στον εχθρό που επεκτεινόταν στο Αιγαίο. Αντίθετα, οι κάτοικοι της Ικαρίας επέλεξαν να αποσυρθούν σε οικισμούς στα βουνά, όπως είχαν κάνει και στο παρελθόν, προκειμένου το νησί να μοιάζει ακατοίκητο – ο «αιώνας της αφάνειας» ονομάστηκε αυτή τη περίοδος που διήρκησε από το 1521 έως το 1601.

Η τακτική αυτή αποδείχθηκε έξυπνη καθώς οι Ικάριοι κατάφεραν να γλιτώσουν από τις επιδρομές του πειρατή Μπαρμπαρόσα.

Η… επιστροφή άρχισε όταν στο θρόνο ανέβηκε ο Σουλεϊμάν ο Μεγαλοπρεπής, ο οποίος ήταν ανεκτικός με τους νησιώτες. Ωστόσο, ο πρώτος αγάς που εγκαταστάθηκε στην Ικαρία για την είσπραξη φόρων και τη διοίκηση εξοντώθηκε («το εκάμαμεν ούλοι ’μεις αφέντη» είναι η ιστορική απάντηση). Σε κάθε περίπτωση, πάντως, οι Ρωσοτουρκικοί πόλεμοι (1770-1774) σε συνδυασμό με την πειρατεία οδήγησαν το νησί σε μαρασμό.

Το 1822, μετά τη Σφαγή της Χίου, πολλοί βρήκαν καταφύγιο στην Ικαρία, ενώ έναν χρόνο αργότερα ανακηρύχθηκε μέρος της επαρχίας Πάτμου. Με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου (1830) το νησί παραδόθηκε στους Οθωμανούς και υποχρεώθηκε να πληρώνει φόρο στον σουλτάνο Μαχμούτ Β’ – εκείνη την περίοδο, όμως, γνώρισε μεγάλη ακμή λόγω της ναυτιλίας και της ανθρακοποιΐας.

Το 1912 το σχέδιο της τουρκικής διοίκησης ήταν η Ικαρία, όπως και άλλα νησιά του ανατολικού Αιγαίου, να εποικιστεί με Κούρδους και Λαζούς. Οι Ικάριοι, όμως, μην αντέχοντας άλλο το ζυγό επαναστάτησαν, έδιωξαν τη μικρή τουρκική δύναμη. Έτσι, στις 17 Ιουλίου δήλωσαν την ανεξαρτησία τους συστήνοντας την Ελευθέρα Πολιτεία Ικαρίας (θεωρείται ότι για το εγχείρημα είχαν τη σιωπηρή στήριξη του Βενιζέλου και του Δραγούμη).

Επικεφαλής της κυβέρνησης που είχε δικό της Σύνταγμα, σημαία, ύμνο, στρατό και γραμματόσημο ήταν ο γιατρός Ιωάννης Μαλαχίας. Η ιταλική κατοχή των Δωδεκανήσων, όμως, ήταν ένας μοχλός πίεσης για το ανεξάρτητο νησί, που το επόμενο διάστημα αντιμετώπισε ελλείψεις σε αγαθά.

Η ανεξαρτησία της Ικαρίας τελείωσε στις 5 Νοεμβρίου, και ενώ ο Βαλκανικός Πόλεμος είχε ήδη ξεκινήσει, όταν έφτασε ο ελληνικός στόλος και το νησί ενσωματώθηκε στον εθνικό κορμό, κάτι που οριστικοποιήθηκε με τη Συνθήκη της Λοζάνης (1923).